Auf der Kostenseite sind neben der Beschaffung der Hardware natürlich eine Reihe weiterer Faktoren zu berücksichtigen, so insbesondere die Kosten von Betriebssystem, Datenbanken, Applikationen, Implementierung, Serviceverträgen, Schulungen sowie die Betriebskosten für die Administration und so weiter. Entsprechend der technologischen Eigenarten der genannten Systeme schlagen diese Faktoren mit verschieden hohen Kosten zu Buche.
So müssen Applikationen für Cluster-Systeme angepasst werden, damit sie deren Leistungsfähigkeit auch in vollem Umfang nutzen können. Demgegenüber sind Standby-Server mit normaler Software zufrieden. Fehlertolerante Systeme sind seit einiger Zeit auch für die Standard-Betriebssysteme Windows und Linux verfügbar, die entsprechenden Applikationen laufen ohne Änderungen. Insbesondere ist die Implementierung eines Cluster-Systems viel aufwendiger als die eines fehlertoleranten Servers. Dieser ist zwar intern redundant ausgelegt, was für den Anwender jedoch völlig transparent ist – ihm gegenüber präsentiert sich der fehlertolerante Server wie ein Stand-alone-Gerät.
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