Das klingt jetzt, als wäre das der einzige Lüfter im Rechner?
Dann solltest Du vielleicht lieber hinten einen Gehäuselüfter montieren, damit ein ordentlicher Luftstrom von vorn nach hinten zustande kommt. An der Festplatte kommt auf diese Weise automatisch frische Luft vorbei.
Die Seitenwand muß natürlich komplett dicht sein (außer der CPU-Lüfter zieht durch einen Lufttunnel die Frischluft rein, das darf er ruhig weiterhin).
Du könntest auch einfach die Löcher so weit aufbohren, daß genug Luft durchkommt